Innerhalb des Wilhelm-Roux-Programms sind die bewilligten Mittel wie im Mittelplan festgelegt zu verausgaben. Dieser richtet sich nach den Angaben im Projektantrag sowie der Mittelverfügbarkeit und den haushaltsrechtlichen Vorschriften.
Ergibt sich im Projektverlauf eine Verzögerung, so kann diese mit Angabe der Gründe dem Prodekanat Forschung angezeigt und ein Übertrag beantragt werden (bis zum 31.10. des Jahres). Anschließend wird geprüft inwieweit eine Verschiebung von Mitteln in das nächste Kalenderjahr erfolgen kann. Hierbei werden die Planzahlen angepasst und der Projektleiter erhält einen aktualisierten Mittelplan.
Zum 31.12. des Jahres werden die Planzahlen aller aktiven Kostenstellen im Roux-Programm die einen Bestand größer 5.000,- € aufweisen auf diesen Betrag gekürzt und lediglich diese Mittel in das nächste Kalenderjahr übertragen. Diese Maßnahme ist haushaltsrechtlich geboten und verhindert eine Blockierung von Projektmitteln für neue Antragsteller in den Folgejahren.
Pro Call und Forschungsprofilbereich werden durch die Arbeitsgruppe "Wilhelm-Roux-Programm des Forschungsausschusses" drei bis vier Gutachter nach der Veröffentlichung der Calls ausgesucht. Die Gutachtervorschläge werden im Forschungsausschuss vorgestellt und durch die Arbeitsgruppe beschlossen. Nach der Deadline und einer internen Sichtung der Projekte durch die Arbeitsgruppe werden die Anträge an die Gutachter verschickt. Die Gutachter eines Calls erhalten dabei alle im jeweiligen Call eingereichten Projekte. Die Festlegung der Förderentscheidung erfolgt durch die Arbeitsgruppe nach Sichtung der externen Gutachten (analog DFG-Verfahren bei SFB-Begutachtungen).